Phân tích hình ảnh thần kinh với Linux. Lin4Neuro là một cách tuyệt vời để bắt đầu

Nhiều người dùng Linux bị ám ảnh bởi đạt được vị trí lãnh đạo tại bàn làm việc. Đối với họ, đó không phải là truyền bá phần mềm miễn phí và 4 quyền tự do của nó mà là đánh bại Microsoft. Thực tế là thị trường máy tính cá nhân đã lên đến đỉnh điểm, và các hành động của Google và Apple trên điện thoại di động nguy hiểm hơn nhiều so với Microsoft trong những ngày tốt nhất (tồi tệ nhất) của họ, họ dường như không quan tâm.

Họ cũng không thể tận hưởng khả năng lãnh đạo đạt được trong các lĩnh vực cụ thể chẳng hạn như đám mây, máy chủ web hoặc siêu máy tính. Họ thích lãng phí thời gian vào các cuộc thảo luận vô trùng với những người hâm mộ Photoshop hoặc Excel.

Đây là lý do tại sao giải pháp Năm Mới của tôi là tạo ra các công cụ phần mềm miễn phí đã biết có thể được sử dụng thành công trong những lĩnh vực mà hầu hết chúng ta, những người viết về chủ đề này thường không nhận thấy.

Trong bài đăng này, chúng ta sẽ nói về lin4neuroMột phân bố nên được những người quan tâm đến hình ảnh não người xem xét.

Không nghi ngờ gì nữa, có tính đến những gì chính phủ và công dân tư nhân chi tiêu cho y tế, tiết kiệm chi phí giấy phép mà không làm giảm chất lượng chăm sóc là một mục tiêu xứng đáng để đạt được. Đây là một lĩnh vực mà phần mềm mã nguồn mở và miễn phí có rất nhiều thứ để cống hiến.

Phân tích hình ảnh thần kinh với Linux. Một điểm khởi đầu tuyệt vời cho sinh viên và các chuyên gia

Nó là một phiên bản bắt nguồn của Ubuntu do một giáo sư tại trường đại học Tsukuba của Nhật Bản tạo ra. Nó dựa trên Ubuntu 16.04 và dường như không được cập nhật kể từ năm 2017. Tuy nhiên, nó vẫn cấu thành một điểm khởi đầu tốt cho các chuyên gia hình ảnh thần kinh làm quen với các ứng dụng mã nguồn mở và cho sinh viên làm các công việc thực tế.

Các hình ảnh được phân tích có thể được chia sẻ dễ dàng

Trong danh sách các chương trình, tôi bao gồm các liên kết đến các trang tương ứng của chúng bất cứ khi nào có thể.

Xin lưu ý rằng tôi không phải là bác sĩ. Mặc dù với sự trợ giúp của Google, tôi đã cố gắng thực hiện các bản dịch chính xác nhất có thể, nhưng có thể tôi đã gặp khó khăn. Tôi đã đánh giá cao bất kỳ sự sửa chữa nào.

Trong số các ứng dụng có trong bản phân phối, chúng ta có thể kể đến:

Máy cắt 3D: Ứng dụng này Nó bao gồm các thuật toán để phân tích hình ảnh thu được bằng hình ảnh cộng hưởng từ chức năng và bằng tensor khuếch tán. Chúng cũng có thể được sử dụng cho liệu pháp hướng dẫn bằng hình ảnh.

AFNI:  Chương trình để xử lý và phân tích dữ liệu thu được từ hình ảnh cộng hưởng từ.

UCL Way Diffusion MRI Toolki: Tôi sẽ đặt mô tả bằng tiếng Anh để không làm khó hiểu. Để xử lý MRI khuếch tán. Tôi giải thích nó là để phân tích hình ảnh cộng hưởng từ khuếch tán. Nếu có chuyên gia hình ảnh trong phòng có thể làm rõ vấn đề cho chúng tôi, dưới đây là hình thức bình luận. Liên kết

Dấu mũ: Ứng dụng này  cho phép người dùng tạo, xem và thao tác tái tạo các bề mặt của não và vỏ não.

Máy phân tích Connectome: Phân tích các kết nối giữa các tài nguyên từ bất kỳ nguồn nào (DSI, DTI, QBall, rs-fMRI, v.v.) ở các quy mô khác nhau (toàn cầu, mạng con và cục bộ).

Trình xem kết nối: kết nối các tập hợp dữ liệu mạng và hình ảnh thần kinh đa phương thức và đa cấp độ để phân tích và trực quan hóa bằng Python.

FSL: Phân tích hình ảnh và các công cụ thống kê cho dữ liệu hình ảnh não fMRI, MRI và DTI. Liên kết

bạch quả CADx: Ứng dụng này là một người xem hình ảnh được lưu theo tiêu chuẩn DICOM.

ITK-Snap: Chương trình phân đoạn cấu trúc trong hình ảnh y tế 3D. Liên kết

Bộ công cụ Minc: Ứng dụng để xử lý các tệp MINC

MITK: Công cụ để phát triển phần mềm tương tác để xử lý hình ảnh y tế.

Khuếch tán MITK: Chương trình  bao gồm lựa chọn các thuật toán phân tích hình ảnh để chụp cộng hưởng từ có trọng số khuếch tán.

MRIChuyển đổi: Es một tiện ích công cụ chuyển đổi tệp hình ảnh y tế chuyển đổi tệp DICOM sang NIfTI 1.1, Analyze 7.5, SPM99 / Analyze, BrainVoyager và các định dạng khối lượng MetaImage.

MRIcron: Là một công cụ trực quan và phân tích hình ảnh thu được bằng cộng hưởng từ (chức năng).

mrtrix: Là một bộ các công cụ để thực hiện chụp đường chất trắng trên hình ảnh cộng hưởng từ có trọng số khuếch tán một cách mạnh mẽ để đan chéo các sợi, sử dụng sự phân giải hình cầu hạn chế (CSD) và các đường thẳng xác suất.

NMR ảo: Tạo mô phỏng thực tế của máy quét MRI.