Mnoho používateľov systému Linux je posadnutých dosiahnuť vedenie pri stole. Pre nich to nie je o šírení slobodného softvéru a jeho 4 slobôd, ale poraziť Microsoft. Zdá sa, že ich nezaujíma skutočnosť, že trh s osobnými počítačmi dosiahol vrchol a že kroky spoločností Google a Apple v oblasti mobilných telefónov sú oveľa nebezpečnejšie ako kroky spoločnosti Microsoft v ich najlepších (najhorších) dňoch.
Rovnako nie sú schopní tešiť sa vodcovstvo dosiahnuté v konkrétnych výklenkoch ako napríklad cloud, webové servery alebo superpočítače. Radšej strácajú čas sterilnými diskusiami s fanúšikmi Photoshopu alebo Excelu.
Preto je moje novoročné predsavzatie zverejniť bezplatné softvérové nástroje, ktoré možno s veľkým úspechom použiť v odvetviach, v ktorých si väčšina z nás, ktorí píšeme o tejto téme, zvyčajne nevšimne.
V tomto príspevku sa budeme baviť lin4neuroDistribúcia, ktorú by mali brať do úvahy záujemcovia o zobrazovanie ľudského mozgu.
Bezpochyby, s prihliadnutím na to, čo vlády a súkromní občania vynakladajú na zdravie, je každá úspora nákladov na licencie bez straty kvality starostlivosti cieľ, ktorý stojí za dosiahnutie. Je to odvetvie, v ktorom má bezplatný a otvorený softvér veľa čo dať.
Analýza neuroimagingu s Linuxom. Skvelý východiskový bod pre študentov a profesionálov
Je to odvodená verzia Ubuntu, ktorú vytvoril profesor na japonskej univerzite v Tsukube. Je založený na Ubuntu 16.04 a zdá sa, že nie je aktualizovaný od roku 2017. Stále však predstavuje dobrý východiskový bod pre odborníkov na neuroimaging oboznámiť sa s open source aplikáciami a študentmi vykonávať praktickú prácu.
Analyzované obrázky možno zdieľať ľahko.
V zozname programov uvádzam odkazy na ich príslušné stránky, kedykoľvek je to možné.
Upozorňujeme, že nie som lekár. Aj keď som sa pomocou Googlu pokúsil o čo najpresnejší preklad, mohol som to pokaziť. Už oceňujem každú opravu.
Z aplikácií zahrnutých v distribúcii môžeme spomenúť:
3D krájač: Táto aplikácia Zahŕňa algoritmy na analýzu obrázkov získaných funkčným zobrazovaním magnetickou rezonanciou a difúznym tenzorom. Môžu sa tiež použiť na terapiu pomocou obrazu.
AFNI: Program na spracovanie a analýzu údajov získaných z obrazov magnetickej rezonancie.
Nástroje UCL Camino Diffusion MRI: Popis popíšem v angličtine, aby som sa nepokazil. Na difúzne spracovanie MR. Interpretujem to tak, aby to bolo pre analýzu difúznou magnetickou rezonanciou. Ak je v miestnosti špecialista na zobrazovanie, ktorý nám môže problém objasniť, nižšie je uvedený formulár na vyjadrenie. Odkaz
Vsuvka: Táto aplikácia umožňuje používateľovi vytvárať, prezerať si a manipulovať s rekonštrukciami povrchov mozgu a mozgovej kôry.
Analyzátor Connectome: Analýza prepojení medzi zdrojmi z ľubovoľného zdroja (DSI, DTI, QBall, rs-fMRI atď.) V rôznych mierkach (globálne, podsieťové a lokálne).
Prehliadač Connectome: prepája multimodálne a viacstupňové neuroobrazy a súbory sieťových údajov na analýzu a vizualizáciu v jazyku Python.
FSL: Analýza obrazu a štatistické nástroje na zobrazovanie údajov mozgu fMRI, MRI a DTI. Odkaz
Ginko CADx: Táto aplikácia je a prehliadač obrázkov uložené podľa štandardu DICOM.
ITK-Snap: Program pre segmentáciu štruktúr v 3D lekárskych snímkach. Odkaz
Sada nástrojov Minc: Aplikácia na manipuláciu so súbormi MINC
MITK: náradie na vývoj interaktívneho softvéru na lekárske spracovanie obrazu.
Difúzia MITK: Program obsahuje výber algoritmov analýzy obrazu pre difúzne vážené zobrazovanie magnetickou rezonanciou.
MRICvert: Es nástroj prevádzač medicínskych obrazových súborov, ktorý prevádza súbory DICOM na formáty zväzkov NIfTI 1.1, Analyze 7.5, SPM99 / Analyze, BrainVoyager a MetaImage.
MRIcron: Je nástroj vizualizácia a analýza obrázkov získaných magnetickou rezonanciou (funkčnou).
mrtrix: Je set nástrojov na vykonávanie traktografie bielej hmoty na difúzne váženom zobrazovaní magnetickou rezonanciou robustným spôsobom na kríženie vlákien s využitím obmedzenej sférickej dekonvolúcie (CSD) a pravdepodobnostných prúdov.
Virtuálna NMR: Produkuje realistickú simuláciu skenera MRI.
Veľmi dobré, sú chvíle, keď vám poskytnú lekárske obrázky, a môžete ich otvoriť iba pomocou programu / prehliadača, ktorý sa mimochodom dodáva iba v systéme Windows. Videl som DICOM niekoľkokrát, nikdy som ich nemohol otvoriť
«Na spracovanie difúznym MR» nie som lekár, ale chápem, že sa jedná o rezonančné obrazy s kontrastom (odoberanie tekutiny)
Ďakujem za objasnenie.