KDE, GNOME, X11, Wayland, Servidor X.org, Compiz, ... muitos nomes para coisas diferentes. E é que usuários menos experientes neste assunto podem ter certas dúvidas ao sair do Microsoft Windows ou Apple Mac OS X em termos de ambientes gráficos.
Nos sistemas Microsoft e Apple, os ambientes gráficos mudaram pouco, o ambiente Aqua do Mac ou a passagem da Lua (Windows XP) para Aero (Vista e 7) e posteriormente para Metro UI (Modern User Interface) no Windows 8, pouco afetam os usuários desses sistemas operacionais.
Nos sistemas * nix grátis Isso pode ser mais complicado porque temos que lidar com muitos nomes de projetos para diferentes sistemas que se complementam e nos oferecem uma infinidade de alternativas. Mas temos que diferenciar entre servidor de tela, GUI ou interface gráfica de usuário (ambiente de área de trabalho), gerenciador de janelas, etc.
El ambiente de trabalho é uma implementação do Interface gráfica do usuário que nos permite acessar e configurar nosso equipamento de forma gráfica. Na verdade, ele tem a mesma função do terminal, apenas tudo é feito graficamente. Nesse sentido temos vários ambientes livres, como KDE, GNOME, CDE, Xfce, LXDE, Unity, LXDE, Cinnamon, etc.
El gerenciador de janela é o software encarregado de exibir as janelas nos sistemas com GUI. Portanto, todo ambiente de área de trabalho precisará de um gerenciador de janelas para criar os efeitos gráficos e exibir as janelas. Neste aspecto encontramos nomes como Metacity, Mutter (ambos usados no GNOME), KWin (para KDE), Compiz, XFWM (XFCE), Enlightenment (para E16 ou E17), Blackbox, IceWM, UltimateWM (associado ao projeto UDE ), Fluxbox, JWM, Openbox, FVWM, Virtual Tabbed WM, AfterStep, WindowsMaker, Matchbox, DynamicWM, HaZe, etc.
Finalmente, o servidores de exibição. O servidor de tela é um programa que coordena e gerencia as entradas e saídas de seus clientes, e isso é feito graças a um protocolo de comunicação que é uma parte muito importante da GUI. Como servidores de tela temos o X.org bem conhecido no mundo Linux, além do Wayland, SurfaceFlinger (para Android), os famosos e novos Mir (da Canonical para Ubuntu), etc. Todos esses servidores de exibição funcionam como mais um elemento dos gerenciadores de janela vistos no parágrafo anterior.
Espero ter esclarecido algo para você e não ter bagunçado você ainda mais ...
Explicação excelente, tudo é claro, até que eu entendi