Analisi del neuroimaging con Linux. Lin4Neuro è un ottimo modo per iniziare

Analisi delle neuroimmagini con Linux

Molti utenti Linux ne sono ossessionati raggiungere la leadership alla scrivania. Per loro non si tratta di diffondere il software libero e le sue 4 libertà ma per sconfiggere Microsoft. Il fatto che il mercato dei personal computer abbia raggiunto il picco e che le azioni di Google e Apple sui telefoni cellulari siano molto più pericolose di quelle di Microsoft nei loro giorni migliori (peggiori), non sembrano preoccuparsene.

Né sono in grado di divertirsi leadership raggiunta in nicchie specifiche come il cloud, i server web o supercomputer. Preferiscono perdere tempo in discussioni sterili con i fan di Photoshop o Excel.

Questo è il motivo per cui la mia risoluzione per il nuovo anno è far conoscere strumenti software gratuiti utilizzabili con grande successo in settori in cui la maggior parte di noi che scriviamo sull'argomento solitamente non se ne accorge.

In questo post parleremo di lin4neuroUna distribuzione che dovrebbe essere presa in considerazione da chi è interessato all'imaging del cervello umano.

Indubbiamente, tenendo conto di quanto spendono i governi ei privati ​​cittadini per la salute, qualsiasi risparmio nel costo delle licenze senza perdita nella qualità dell'assistenza è un obiettivo degno da raggiungere. È un settore in cui il software gratuito e open source ha molto da dare.

Analisi del neuroimaging con Linux. Un ottimo punto di partenza per studenti e professionisti

È una versione derivata di Ubuntu realizzata da un professore dell'università giapponese di Tsukuba. È basato su Ubuntu 16.04 e sembra non essere aggiornato dal 2017. Tuttavia, costituisce ancora un buon punto di partenza per i professionisti della neuroimaging familiarizzare con le applicazioni open source e chiedere agli studenti di svolgere un lavoro pratico.

Le immagini analizzate può essere condiviso facilmente.

Nell'elenco dei programmi includo i collegamenti alle rispettive pagine ogni volta che è possibile.

Si prega di notare che non sono un medico. Anche se con l'aiuto di Google ho cercato di rendere le traduzioni il più corrette possibile, potrei aver sbagliato. Apprezzo già qualsiasi correzione.

Tra le applicazioni incluse nella distribuzione possiamo citare:

Affettatrice 3D: Questa applicazione Include algoritmi per l'analisi di immagini ottenute mediante risonanza magnetica funzionale e mediante tensore di diffusione. Possono essere utilizzati anche per la terapia guidata dalle immagini.

AFNI:  Programma per l'elaborazione e l'analisi dei dati ottenuti da immagini di risonanza magnetica.

Toolki per risonanza magnetica a diffusione Camino UCL: Metterò la descrizione in inglese per non sbagliare. Per l'elaborazione MRI a diffusione. Lo interpreto per l'analisi della risonanza magnetica diffusa. Se nella stanza è presente uno specialista di imaging che può chiarire il problema per noi, di seguito è riportato il modulo di commento. collegamento

Cattivo: Questa applicazione  consente all'utente di creare, visualizzare e manipolare ricostruzioni di superfici del cervello e della corteccia cerebrale.

Analizzatore di connettori: Analisi delle connessioni tra risorse da qualsiasi sorgente (DSI, DTI, QBall, rs-fMRI, ecc.) A diverse scale (globale, sottoreti e locale).

Visualizzatore connettori: collega i set di dati di rete e di neuroimaging multimodale e multiscala per l'analisi e la visualizzazione in Python.

FSL: Analisi delle immagini e strumenti statistici per dati di imaging cerebrale fMRI, MRI e DTI. collegamento

Ginkgo CADx: Questa applicazione è un file visualizzatore di immagini salvato con lo standard DICOM.

Scatto ITK: Programma per la segmentazione di strutture in immagini mediche 3D. collegamento

Toolkit Minc: Applicazione per la gestione dei file MINC

MITK: Strumenti per lo sviluppo di software interattivi per l'elaborazione di immagini mediche.

Diffusione MITK: Il programma  include una selezione di algoritmi di analisi delle immagini per la risonanza magnetica pesata in diffusione.

RMConverti: Es un'utilità convertitore di file immagine medicale che converte i file DICOM in formati di volume NIfTI 1.1, Analizza 7.5, SPM99 / Analizza, BrainVoyager e MetaImage.

MRIcron: Lo è uno strumento visualizzazione e analisi di immagini ottenute per risonanza magnetica (funzionale).

Mrtrix: Lo è un set di strumenti per eseguire la trattografia della sostanza bianca sulla risonanza magnetica pesata in diffusione in modo robusto per incrociare le fibre, utilizzando la deconvoluzione sferica ristretta (CSD) e linee di flusso probabilistiche.

NMR virtuale: Produce una simulazione realistica di uno scanner MRI.


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  1.   Nasher_87 (ARG) suddetto

    Molto bene, ci sono momenti in cui ti danno immagini mediche e puoi aprirlo solo con il programma / visualizzatore che arriva, per inciso, solo in Windows. Ho visto i DICOM diverse volte, non sono mai riuscito ad aprirli
    «Per l'elaborazione MRI a diffusione» Non sono un medico, ma capisco che si tratta di immagini di risonanza con contrasto (prendendo un liquido)

    1.    Diego German Gonzalez suddetto

      Grazie per il chiarimento.