Neurokuvan analysointi Linuxilla. Lin4Neuro on loistava tapa aloittaa

Monet Linux-käyttäjät ovat pakkomielle saavuttaa johtajuus pöydällä. Heille kyse ei ole vapaiden ohjelmistojen ja sen neljän vapauden levittämisestä voittaa Microsoft. Tosiasia, että henkilökohtaisten tietokoneiden markkinat ovat saavuttaneet huippunsa ja että Googlen ja Applen toimet matkapuhelimissa ovat paljon vaarallisempia kuin Microsoftin parhaimmillaan (pahimpina) päivinä, ne eivät näytä välittävän.

He eivät myöskään voi nauttia johtajuus saavutettu tietyillä kapealla kuten pilvi, verkkopalvelimet tai supertietokoneet. He haluavat tuhlata aikaa steriileissä keskusteluissa Photoshopin tai Excelin fanien kanssa.

Siksi uudenvuoden päätöslauselmani on tehdä tunnettuja ilmaisia ​​ohjelmistotyökaluja, joita voidaan käyttää menestyksekkäästi aloilla, joilla useimmat meistä aiheesta kirjoittavat eivät yleensä huomaa.

Tässä viestissä aiomme puhua lin4neuroJakelu, jonka ihmisen aivokuvantamisesta kiinnostuneiden tulisi ottaa huomioon.

Kun otetaan huomioon hallitusten ja yksityisten kansalaisten terveydenhuoltoon käyttämät kustannukset, on epäilemättä kelvollinen tavoite saavuttaa lisenssien kustannussäästöt ilman, että hoidon laatu heikkenee. Se on ala, jolla ilmaisilla ja avoimen lähdekoodin ohjelmistoilla on paljon annettavaa.

Neurokuvan analysointi Linuxilla. Hyvä lähtökohta opiskelijoille ja ammattilaisille

Se on johdannaisversio Ubuntusta, jonka on tehnyt japanilaisen Tsukuban yliopiston professori. Se perustuu Ubuntu 16.04 -käyttöjärjestelmään eikä sitä näytä päivittävän vuodesta 2017 lähtien hyvä lähtökohta neurokuvantamisen ammattilaisille tutustu avoimen lähdekoodin sovelluksiin ja pyydä opiskelijoita tekemään käytännön työtä.

Analysoidut kuvat voidaan jakaa helposti.

Ohjelmaluetteloon sisällytän linkit vastaaville sivuille aina kun mahdollista.

Huomaa, että en ole lääkäri. Vaikka yritin tehdä käännöksistä Googlen avulla mahdollisimman oikeat, olen ehkä kiusannut. Arvostan jo kaikkia korjauksia.

Jakeluun sisältyvistä sovelluksista voidaan mainita:

3D-viipale: tämä sovellus Se sisältää algoritmeja kuvien analysoimiseksi, jotka on saatu toiminnallisella magneettikuvaus- ja diffuusiotensorilla. Niitä voidaan käyttää myös kuvaohjattuun terapiaan.

AFNI:  Ohjelma magneettikuvista saatujen tietojen käsittelyyn ja analysointiin.

UCL Camino Diffusion MRI -työkalut: Aion laittaa kuvauksen englanniksi, jotta en ryöstä. Diffuusion MRI-käsittelyyn. Tulkitsen sen olevan diffuusia magneettikuvausanalyysiä varten. Jos huoneessa on kuvantamisasiantuntija, joka voi selvittää ongelman meille, alla on kommenttilomake. Linkki

Huolto: tämä sovellus  antaa käyttäjän luoda, tarkastella ja manipuloida aivojen ja aivokuoren pintojen rekonstruktioita.

Connectome-analysaattori: Analyysi minkä tahansa lähteen (DSI, DTI, QBall, rs-fMRI jne.) Resurssien välisistä yhteyksistä eri mittakaavoissa (globaali, aliverkot ja paikallinen).

Connectome Viewer: yhdistää multimodaalisen ja multiscale-hermokuvan ja verkkotietojoukot analysointia ja visualisointia varten Pythonissa.

FSL: Kuva-analyysi ja tilastolliset välineet fMRI-, MRI- ja DTI-aivokuvantamistiedoille. Linkki

Ginkgo CADx: Tämä sovellus on a kuvien katseluohjelma tallennetaan DICOM-standardin mukaisesti.

ITK-napsautus: Ohjelma rakenteiden segmentointiin 3D-lääketieteellisissä kuvissa. Linkki

Minc-työkalupakki: Asennus MINC-tiedostojen käsittelyyn

MITK: Työkalut interaktiivisten ohjelmistojen kehittämiseksi lääketieteellistä kuvankäsittelyä varten.

MITK-diffuusio: Ohjelma  sisältää valikoiman kuva-analyysialgoritmeja diffuusiopainotteiseen magneettikuvauskuvantamiseen.

MRIConvert: Es apuohjelma lääketieteellinen kuvatiedostomuunnin, joka muuntaa DICOM-tiedostot NIfTI 1.1-, Analyze 7.5-, SPM99 / Analyze-, BrainVoyager- ja MetaImage-äänimuodoiksi.

MRIcron: On työkalu magneettiresonanssilla saatujen kuvien visualisointi ja analyysi (toiminnallinen).

mrtrix: On setti työkaluja valkoisen aineen traktografian suorittamiseksi diffuusiopainotteisella magneettikuvauskuvantamisella vankalla tavalla kuitujen ylittämiseksi käyttäen rajoitettua pallomaista dekonvoluutiota (CSD) ja todennäköisyysvirtauksia.

Virtuaalinen NMR: Tuottaa realistisen MRI-skannerin simulaation.