Neurokujutiste analüüsimine Linuxiga. Lin4Neuro on suurepärane viis alustamiseks

Paljud Linuxi kasutajad on kinnisideeks saavutada laual juhtimine. Nende jaoks ei tähenda see vaba tarkvara ja selle nelja vabaduse levitamist, vaid Microsofti alistamiseks. Asjaolu, et personaalarvutite turg on jõudnud haripunkti ning Google'i ja Apple'i tegevus mobiiltelefonides on parimatel (halvimatel) päevadel palju ohtlikum kui Microsofti oma, tundub, et see ei huvita neid.

Samuti pole nad võimelised nautima konkreetsetes nišides saavutatud juhtimine nagu pilv, veebiserverid või superarvutid. Nad eelistavad raisata aega steriilsetesse aruteludesse Photoshopi või Exceli fännidega.

Seetõttu on minu uusaastane resolutsioon selline teha teatavaks tasuta tarkvara tööriistad, mida saab väga edukalt kasutada sektorites, kus enamik meist, kes teemal kirjutavad, tavaliselt ei märka.

Selles postituses räägime lin4neuroJaotus, mida peaksid arvestama inimese aju pildistamisest huvitatud isikud.

Võttes arvesse valitsuste ja eraisikute kulutusi tervisele, on kahtlemata vääriline eesmärk litsentside maksumuse kokkuhoid ilma ravikvaliteedi languseta. See on sektor, kus vabal ja avatud lähtekoodiga tarkvaral on palju anda.

Neurokujutiste analüüsimine Linuxiga. Suurepärane lähtepunkt üliõpilastele ja spetsialistidele

See on tuletatud versioon Ubuntust, mille on teinud Jaapani Tsukuba ülikooli professor. See põhineb Ubuntu 16.04-l ja tundub, et seda pole värskendatud alates 2017. aastast. Kuid see on endiselt hea lähtepunkt neuropiltide spetsialistidele tutvuvad avatud lähtekoodiga rakendustega ja õpilased teevad praktilist tööd.

Analüüsitud pildid saab jagada lihtsalt

Võimaluse korral lisan programmide loendisse lingid nende vastavatele lehtedele.

Pange tähele, et ma pole arst. Ehkki Google'i abiga üritasin tõlked võimalikult õigeks muuta, võisin siiski kruvida. Hindan juba igat parandust.

Jaotuses sisalduvate rakenduste hulgas võime mainida järgmist:

3D viilutaja: See rakendus See sisaldab algoritme funktsionaalse magnetresonantstomograafia ja difusioontensiooniga saadud piltide analüüsimiseks. Neid saab kasutada ka pildijuhtimisel.

AFNI:  Programm magnetresonantspiltidelt saadud andmete töötlemiseks ja analüüsimiseks.

UCL Camino difusiooni MRI tööriist: Panen kirjelduse inglise keelde, et mitte sassi keerata. Difusiooni MRI töötlemiseks. Ma tõlgendan seda hajutatud magnetresonantstomograafia jaoks. Kui ruumis on pilditöö spetsialist, kes suudab meie jaoks probleemi selgitada, on allpool kommentaaride vorm. Link

Hooldus: See rakendus  võimaldab kasutajal luua, vaadata ja manipuleerida aju ja ajukoore pindade rekonstruktsioonidega.

Connectome analüsaator: Mis tahes allikast pärinevate ressursside (DSI, DTI, QBall, rs-fMRI jne) seoste analüüs erinevas ulatuses (globaalne, alamvõrgud ja kohalik).

Connectome Viewer: ühendab Pythonis analüüsimiseks ja visualiseerimiseks multimodaalse ja multiskaala neurokujutise ning võrgu andmekogumid.

FSL: Pildianalüüs ja statistilised vahendid fMRI, MRI ja DTI aju pildistamise andmete jaoks. Link

Ginkgo CADx: See rakendus on a piltide vaataja salvestatud DICOMi standardi alusel.

ITK-Snap: 3D-meditsiiniliste kujutiste struktuuride segmenteerimise programm. Link

Minc tööriistakomplekt: taotlus MINC-failide töötlemiseks

MITK: töövahendid meditsiinilise pilditöötluse interaktiivse tarkvara väljatöötamiseks.

MITK difusioon: Programm  sisaldab valikut pildianalüüsi algoritme difusiooniga kaalutud magnetresonantstomograafia jaoks.

MRIConvert: Es utiliit meditsiinilise pildifaili muundur, mis teisendab DICOM-failid NIfTI 1.1, Analyze 7.5, SPM99 / Analyze, BrainVoyager ja MetaImage helivorminguteks.

MRIcron: On vahend magnetresonantsiga saadud piltide visualiseerimine ja analüüs (funktsionaalne).

mrtrix: On komplekt tööriistu valgeaine traktograafia teostamiseks difusiooniga kaalutud magnetresonantstomograafias robustsel viisil kiudude ületamiseks, kasutades piiratud sfäärilist dekonvolutsiooni (CSD) ja tõenäosuslikke voolujooni.

Virtuaalne NMR: Toodab MR-skanneri realistliku simulatsiooni.