Analyse von Neuroimaging unter Linux. Lin4Neuro ist ein guter Einstieg

Analysieren von Neuroimages unter Linux

Viele Linux-Benutzer sind besessen davon Führung am Schreibtisch erreichen. Für sie geht es nicht darum, freie Software und ihre 4 Freiheiten zu verbreiten, sondern Microsoft zu besiegen. Die Tatsache, dass der Markt für PCs seinen Höhepunkt erreicht hat und dass die Aktionen von Google und Apple auf Mobiltelefonen in ihren besten (schlechtesten) Tagen viel gefährlicher sind als die von Microsoft, scheint sie nicht zu interessieren.

Sie können es auch nicht genießen Führung in bestimmten Nischen erreicht wie die Cloud, Webserver oder Supercomputer. Sie bevorzugen es, Zeit in sterilen Diskussionen mit Fans von Photoshop oder Excel zu verschwenden.

Deshalb ist mein Neujahrsvorsatz Machen Sie freie Software-Tools bekannt, die mit großem Erfolg eingesetzt werden können in Sektoren, in denen die meisten von uns, die zu diesem Thema schreiben, dies normalerweise nicht bemerken.

In diesem Beitrag werden wir darüber sprechen lin4neuroEine Verteilung, die von denjenigen berücksichtigt werden sollte, die an der Bildgebung des menschlichen Gehirns interessiert sind.

Unter Berücksichtigung der Ausgaben von Regierungen und Privatpersonen für die Gesundheit ist es zweifellos ein würdiges Ziel, Einsparungen bei den Lizenzkosten ohne Einbußen bei der Qualität der Versorgung zu erzielen. Es ist ein Sektor, in dem freie und Open-Source-Software viel zu bieten hat.

Analyse von Neuroimaging unter Linux. Ein guter Ausgangspunkt für Studenten und Profis

Es ist eine abgeleitete Version von Ubuntu, die von einem Professor an der japanischen Universität Tsukuba hergestellt wurde. Es basiert auf Ubuntu 16.04 und scheint seit 2017 nicht mehr aktualisiert zu werden Ein guter Ausgangspunkt für Neuroimaging-Profis Machen Sie sich mit Open Source-Anwendungen vertraut und machen Sie praktische Arbeit.

Die analysierten Bilder kann geteilt werden leicht.

In die Liste der Programme füge ich nach Möglichkeit die Links zu den jeweiligen Seiten ein.

Bitte beachten Sie, dass ich kein Arzt bin. Obwohl ich mit Hilfe von Google versucht habe, die Übersetzungen so korrekt wie möglich zu gestalten, habe ich es möglicherweise vermasselt. Ich freue mich bereits über jede Korrektur.

Unter den in der Distribution enthaltenen Anwendungen können wir erwähnen:

3D-Schneider: Diese Anwendung Es enthält Algorithmen zur Analyse von Bildern, die durch funktionelle Magnetresonanztomographie und durch Diffusionstensor erhalten wurden. Sie können auch zur bildgesteuerten Therapie eingesetzt werden.

AFNI:  Programm zur Verarbeitung und Analyse von Daten aus Magnetresonanzbildern.

UCL Camino Diffusions-MRT-Toolki: Ich werde die Beschreibung auf Englisch setzen, um es nicht zu vermasseln. Für die Diffusions-MRT-Verarbeitung. Ich interpretiere es als diffuse Magnetresonanztomographie-Analyse. Wenn sich im Raum ein Bildgebungsspezialist befindet, der das Problem für uns klären kann, finden Sie unten das Kommentarformular. Link

Caret: Diese Anwendung  ermöglicht dem Benutzer das Erstellen, Anzeigen und Bearbeiten von Rekonstruktionen von Oberflächen des Gehirns und der Großhirnrinde.

Connectome-Analysator: Analyse der Verbindungen zwischen Ressourcen aus einer beliebigen Quelle (DSI, DTI, QBall, rs-fMRI usw.) in verschiedenen Maßstäben (global, Subnetze und lokal).

Connectome-Viewer: Verbindet multimodale und multiskalige Neuroimaging- und Netzwerkdatensätze zur Analyse und Visualisierung in Python.

FSL: Bildanalyse- und statistische Tools für fMRT-, MRT- und DTI-Bildgebungsdaten des Gehirns. Link

Ginkgo CADx: Diese Anwendung ist eine Bildbetrachter unter dem DICOM-Standard gespeichert.

ITK-Snap: Programm zur Segmentierung von Strukturen in medizinischen 3D-Bildern. Link

Minc Toolkit: Anwendung zum Umgang mit MINC-Dateien

MITK: Werkzeuge für die Entwicklung interaktiver Software für die medizinische Bildverarbeitung.

MITK-Diffusion: das Programm  enthält eine Auswahl von Bildanalysealgorithmen für die diffusionsgewichtete Magnetresonanztomographie.

MRIKonvertierung: Es ein Dienstprogramm Konverter für medizinische Bilddateien, der DICOM-Dateien in die Volume-Formate NIfTI 1.1, Analyze 7.5, SPM99 / Analyze, BrainVoyager und MetaImage konvertiert.

MRT: Es ist ein Werkzeug Visualisierung und Analyse von Bildern, die durch Magnetresonanz erhalten wurden (funktional).

mrtrix: Es ist ein Satz von Werkzeugen zur Durchführung einer Traktographie der weißen Substanz auf diffusionsgewichteter Magnetresonanztomographie auf robuste Weise zur Kreuzung von Fasern unter Verwendung von eingeschränkter sphärischer Entfaltung (CSD) und probabilistischen Stromlinien.

Virtuelles NMR: Erzeugt eine realistische Simulation eines MRT-Scanners.


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  1.   Nasher_87 (ARG) sagte

    Sehr gut, es gibt Zeiten, in denen Sie medizinische Bilder erhalten und Sie diese nur mit dem Programm / Viewer öffnen können, das übrigens nur unter Windows verfügbar ist. Ich habe die DICOMs mehrmals gesehen, ich konnte sie nie öffnen
    «Für die Diffusions-MRT-Verarbeitung» Ich bin kein Arzt, aber ich verstehe, dass es sich um Resonanzbilder mit Kontrast handelt (Flüssigkeit aufnehmen)

    1.    Diego German Gonzalez sagte

      Danke für die Klarstellung.