Analyse af neuroimaging med Linux. Lin4Neuro er en fantastisk måde at komme i gang på

Analyse af neurobilleder med Linux

Mange Linux-brugere er besat af opnå lederskab ved skrivebordet. For dem handler det ikke om at sprede gratis software og dets 4 friheder, men for at besejre Microsoft. Det faktum, at markedet for personlige computere har toppet, og at Googles og Apples handlinger på mobiltelefoner er meget farligere end Microsofts i deres bedste (værste) dage, synes de ikke at være ligeglade med.

De er heller ikke i stand til at nyde lederskab opnået i specifikke nicher såsom skyen, webservere eller supercomputere. De foretrækker at spilde tid i sterile diskussioner med fans af Photoshop eller Excel.

Dette er grunden til min nytårsopløsning bekendtgøre gratis softwareværktøjer, der kan bruges med stor succes inden for sektorer, hvor de fleste af os, der skriver om emnet, normalt ikke bemærker det.

I dette indlæg skal vi tale om lin4neuroEn distribution, der skal overvejes af dem, der er interesseret i human hjernedannelse.

Under hensyntagen til, hvad regeringer og private borgere bruger på sundhed, er det utvivlsomt et værdigt mål at opnå. Det er en sektor, hvor gratis og open source-software har meget at give.

Analyse af neuroimaging med Linux. Et godt udgangspunkt for studerende og fagfolk

Det er en afledt version af Ubuntu lavet af en professor ved det japanske universitet i Tsukuba. Det er baseret på Ubuntu 16.04 og synes ikke at være opdateret siden 2017. Det udgør dog stadig et godt udgangspunkt for neuroimaging fagfolk stifte bekendtskab med open source-applikationer og få de studerende til at udføre praktisk arbejde.

De analyserede billeder kan deles nemt.

På listen over programmer inkluderer jeg links til deres respektive sider, når det er muligt.

Bemærk, at jeg ikke er læge. Selvom jeg ved hjælp af Google forsøgte at gøre oversættelserne så korrekte som muligt, har jeg muligvis gjort noget. Jeg sætter allerede pris på enhver korrektion.

Blandt de applikationer, der er inkluderet i distributionen, kan vi nævne:

3D -skæremaskine: Denne app Det inkluderer algoritmer til analyse af billeder opnået ved funktionel magnetisk resonansbilleddannelse og ved diffusionstensor. De kan også bruges til billedstyret terapi.

AFNI:  Program til behandling og analyse af data opnået fra magnetiske resonansbilleder.

UCL Way Diffusion MRI Toolki: Jeg vil sætte beskrivelsen på engelsk for ikke at skrue op. Til diffusion MR-behandling. Jeg fortolker det for diffus magnetisk resonansbilleddannelsesanalyse. Hvis der er en billedspecialist i lokalet, der kan afklare problemet for os, er kommentarformularen nedenfor. Link

Pleje: Denne app  giver brugeren mulighed for at oprette, se og manipulere rekonstruktioner af hjernens overflader og hjernebarken.

Connectome Analyzer: Analyse af forbindelserne mellem ressourcer fra en hvilken som helst kilde (DSI, DTI, QBall, rs-fMRI osv.) I forskellige skalaer (global, undernet og lokal).

Connectome Viewer: forbinder multimodal og multiskala neuroimaging og netværksdatasæt til analyse og visualisering i Python.

FSL: Billedanalyse og statistiske værktøjer til fMRI-, MR- og DTI-hjernedannelsesdata. Link

Ginkgo CADx: Denne applikation er en billedfremviser gemt under DICOM-standarden.

ITK-Snap: Program til segmentering af strukturer i 3D medicinske billeder. Link

Minc værktøjssæt: ansøgning til håndtering af MINC-filer

MITK: Værktøj til udvikling af interaktiv software til medicinsk billedbehandling.

MITK diffusion: Programmet  inkluderer et udvalg af billedanalysealgoritmer til diffusionsvægtet magnetisk resonansbilleddannelse.

MRIConverter: Es et hjælpeprogram medicinsk billedfilkonverter, der konverterer DICOM-filer til lydformaterne NIfTI 1.1, Analyze 7.5, SPM99 / Analyze, BrainVoyager og MetaImage.

MRIcron: Er et værktøj visualisering og analyse af billeder opnået ved magnetisk resonans (funktionel).

mrtrix: Er et sæt af værktøjer til at udføre hvidstoftraktografi på diffusionsvægtet magnetisk resonansbilleddannelse på en robust måde for at krydse fibre ved hjælp af begrænset sfærisk dekonvolution (CSD) og sandsynlige strømlinjer.

Virtuel NMR: Producerer en realistisk simulering af en MR-scanner.


Efterlad din kommentar

Din e-mailadresse vil ikke blive offentliggjort. Obligatoriske felter er markeret med *

*

*

  1. Ansvarlig for data: AB Internet Networks 2008 SL
  2. Formålet med dataene: Control SPAM, management af kommentarer.
  3. Legitimering: Dit samtykke
  4. Kommunikation af dataene: Dataene vil ikke blive kommunikeret til tredjemand, undtagen ved juridisk forpligtelse.
  5. Datalagring: Database hostet af Occentus Networks (EU)
  6. Rettigheder: Du kan til enhver tid begrænse, gendanne og slette dine oplysninger.

  1.   Nasher_87 (ARG) sagde han

    Meget god, der er tidspunkter, at de giver dig medicinske billeder, og du kan kun åbne det med programmet / fremviseren, der i øvrigt kun kommer i Windows. Jeg så DICOM'erne flere gange, jeg kunne aldrig åbne dem
    «Til diffusion MR-behandling» Jeg er ikke læge, men jeg forstår, at det er resonansbilleder med kontrast (tager en væske)

    1.    Diego tyske Gonzalez sagde han

      Tak for afklaringen.