Analýza neuroimagingu s Linuxem. Lin4Neuro je skvělý způsob, jak začít

Mnoho uživatelů Linuxu je posedlých dosáhnout vedení u stolu. Pro ně to není o šíření svobodného softwaru a jeho 4 svobod, ale porazit Microsoft. Skutečnost, že trh s osobními počítači dosáhl svého vrcholu a že akce společností Google a Apple v mobilních telefonech jsou mnohem nebezpečnější než akce společnosti Microsoft v jejich nejlepších (nejhorších) dnech, zdá se, že je to jedno.

Ani si nemohou užít vedení dosažené v konkrétních výklencích jako je cloud, webové servery nebo superpočítače. Raději ztrácejí čas sterilními diskusemi s fanoušky Photoshopu nebo Excelu.

Proto je moje novoroční předsevzetí zveřejnit bezplatné softwarové nástroje, které lze s velkým úspěchem použít v odvětvích, ve kterých si většina z nás, kteří na toto téma píší, obvykle nevšimne.

V tomto příspěvku budeme hovořit lin4neuroDistribuce, kterou by měli zvážit zájemci o zobrazování lidského mozku.

Bezpochyby, s přihlédnutím k tomu, co vlády a soukromí občané utrácejí za zdraví, je jakákoli úspora nákladů na licence bez ztráty kvality péče hodným cílem dosáhnout. Je to odvětví, ve kterém má svobodný a otevřený software co dát.

Analýza neuroimagingu s Linuxem. Skvělý výchozí bod pro studenty a profesionály

Jedná se o odvozenou verzi Ubuntu, kterou vytvořil profesor na japonské univerzitě v Tsukubě. Je založen na Ubuntu 16.04 a zdá se, že nebude aktualizován od roku 2017. Stále to však představuje dobrý výchozí bod pro profesionály v oblasti neuroimagingu seznámit se s aplikacemi open source a nechat studenty provádět praktickou práci.

Analyzované obrázky lze sdílet snadno

V seznamu programů uvádím odkazy na jejich příslušné stránky, kdykoli je to možné.

Vezměte prosím na vědomí, že nejsem lékař. I když jsem se pomocí Google snažil překládat překlady co nejpřesněji, možná jsem to pokazil. Už oceňuji jakoukoli opravu.

Z aplikací zahrnutých v distribuci můžeme zmínit:

3D kráječ: Tato aplikace Zahrnuje algoritmy pro analýzu obrazů získaných funkčním zobrazováním magnetickou rezonancí a difuzním tenzorem. Mohou být také použity pro terapii pomocí obrazu.

AFNI:  program pro zpracování a analýzu dat získaných z obrazů magnetické rezonance.

Nástroje UCL Camino Diffusion MRI: Chystám se dát popis v angličtině, aby nedošlo k pokazit. Pro difúzní zpracování MRI. Interpretuji to pro analýzu difuzní magnetické rezonance. Pokud je v místnosti specialista na zobrazování, který nám může problém objasnit, níže je formulář pro komentář. Odkaz

Stříška Tato aplikace  umožňuje uživateli vytvářet, prohlížet a manipulovat s rekonstrukcemi povrchů mozku a mozkové kůry.

Analyzátor Connectome: Analýza připojení mezi prostředky z jakéhokoli zdroje (DSI, DTI, QBall, rs-fMRI atd.) V různých měřítcích (globální, podsítí a místní).

Prohlížeč Connectome: spojuje multimodální a multiscale neuroimaging a síťové datové sady pro analýzu a vizualizaci v Pythonu.

FSL: Analýza obrazu a statistické nástroje pro data zobrazování mozku fMRI, MRI a DTI. Odkaz

Ginkgo CADx: Tato aplikace je a prohlížeč obrázků uloženy podle standardu DICOM.

ITK-Snap: Program pro segmentaci struktur ve 3D lékařských obrazech. Odkaz

Sada nástrojů Minc: Aplikace pro zpracování souborů MINC

MITK: nářadí pro vývoj interaktivního softwaru pro lékařské zpracování obrazu.

Difúze MITK: Program  zahrnuje výběr algoritmů analýzy obrazu pro difúzní vážené magnetické rezonance.

MRICconvert: Es nástroj převaděč lékařských obrazových souborů, který převádí soubory DICOM na formáty svazků NIfTI 1.1, Analyze 7.5, SPM99 / Analyze, BrainVoyager a MetaImage.

MRIcron: Je nástroj vizualizace a analýza obrazů získaných magnetickou rezonancí (funkční).

mrtrix: Je sada nástrojů k provádění traktografie bílé hmoty na difuzně váženém magnetickém rezonančním zobrazování robustním způsobem pro křížení vláken s využitím omezené sférické dekonvoluce (CSD) a pravděpodobnostních proudů.

Virtuální NMR: Produkuje realistickou simulaci skeneru MRI.