Analizirajući neuroimaging sa Linuxom. Lin4Neuro je sjajan način za početak

Mnogi korisnici Linuxa su opsjednuti postići vođstvo za radnim stolom. Za njih se ne radi o širenju slobodnog softvera i njegove 4 slobode, već da porazi Microsoft. Činjenica da je tržište ličnih računara dostiglo vrhunac i da su Googleove i Appleove akcije na mobilnim telefonima mnogo opasnije od Microsoftovih u njihovim najboljim (najgorim) danima, čini se da ih ne zanima.

Niti su u mogućnosti da uživaju liderstvo postignuto u određenim nišama kao što su oblak, web serveri ili superračunari. Više vole gubiti vrijeme u sterilnim razgovorima s obožavateljima Photoshopa ili Excela.

Zbog toga je moja novogodišnja odluka izraditi poznate besplatne softverske alate koji se mogu koristiti s velikim uspjehom u sektorima u kojima većina nas koji pišemo na tu temu obično ne primijetimo.

U ovom postu ćemo razgovarati o tome lin4neuroRaspored koji bi trebali razmotriti oni koji su zainteresirani za snimanje ljudskog mozga.

Bez sumnje, uzimajući u obzir koliko vlade i privatni građani troše na zdravlje, svaka ušteda u troškovima licenci bez gubitka u kvaliteti njege vrijedan je cilj koji treba postići. To je sektor u kojem besplatni softver s otvorenim kodom može puno toga dati.

Analizirajući neuroimaging sa Linuxom. Izvrsno polazište za studente i profesionalce

To je izvedena verzija Ubuntu-a koju je napravio profesor na japanskom univerzitetu Tsukuba. Zasnovan je na Ubuntu 16.04 i čini se da se neće ažurirati od 2017. Međutim, i dalje predstavlja dobra polazna osnova za stručnjake za neuroslikovanje upoznati se s aplikacijama otvorenog koda i navesti studente da rade praktični rad.

Analizirane slike mogu se dijeliti lako

Na popis programa kad god je to moguće uvrštavam veze do njihovih stranica.

Imajte na umu da nisam ljekar. Iako sam se uz pomoć Googlea trudio da prijevodi budu što korektniji, možda sam zabrljao. Već cijenim svaku ispravku.

Među aplikacijama uključenim u distribuciju možemo spomenuti:

3D rezač: Ova aplikacija Uključuje algoritme za analizu slika dobijenih funkcionalnom magnetnom rezonancom i difuzijskim tenzorom. Takođe se mogu koristiti za terapiju vođenu slikom.

AFNI:  Program za obradu i analizu podataka dobijenih slikama magnetne rezonance.

UCL Camino difuzioni MRI alati: Stavit ću opis na engleski jezik da ne bih zabrljao. Za difuznu MRI obradu. Ja to tumačim za analizu difuzne magnetne rezonance. Ako u sobi postoji stručnjak za snimanje koji nam može pojasniti problem, dolje je obrazac za komentar. Link

karet: Ova aplikacija  omogućava korisniku da kreira, pregleda i manipulira rekonstrukcijama površina mozga i moždane kore.

Connectome analizator: Analiza veza između resursa iz bilo kojeg izvora (DSI, DTI, QBall, rs-fMRI, itd.) U različitim razmjerima (globalnim, podmrežnim i lokalnim).

Connectome Viewer: povezuje multimodalne i multiskalne neuroimaging i mrežne skupove podataka za analizu i vizualizaciju u Pythonu.

FSL: Analiza slike i statistički alati za fMRI, MRI i DTI slike mozga. Link

Ginkgo CADx: Ova aplikacija je pregledač slika spremljeno pod DICOM standardom.

ITK-Snap: Program za segmentaciju struktura u 3D medicinskim slikama. Link

Minc priručnik: Aplikacija za rukovanje MINC datotekama

MITK: alat za razvoj interaktivnog softvera za medicinsku obradu slika.

MITK difuzija: Program  uključuje izbor algoritama za analizu slika za magnetsku rezonancu ponderisanu difuzijom.

MRIConvert: Es uslužni program medicinski pretvarač datoteka slika koji pretvara DICOM datoteke u NIfTI 1.1, Analyse 7.5, SPM99 / Analyze, BrainVoyager i MetaImage formate volumena.

MRIcron: Je alat vizualizacija i analiza slika dobijenih magnetnom rezonancom (funkcionalna).

mrtrix: Je set alata za izvođenje traktografije bijele materije na difuzionom magnetno-rezonantnom magnetnom rezonancom na robustan način za ukrštanje vlakana, koristeći ograničenu sfernu dekonvoluciju (CSD) i vjerovatnosne tokove.

Virtualni NMR: Izrađuje realističnu simulaciju MRI skenera.