Analyse de la neuroimagerie avec Linux. Lin4Neuro est un excellent moyen de commencer

Analyse des neuroimages avec Linux De nombreux utilisateurs de Linux sont obsédés par atteindre le leadership au bureau. Pour eux il ne s'agit pas de diffuser le logiciel libre et ses 4 libertés mais vaincre Microsoft. Le fait que le marché des ordinateurs personnels ait atteint un sommet et que les actions de Google et d'Apple sur les téléphones mobiles soient beaucoup plus dangereuses que celles de Microsoft dans leurs meilleurs (pires) jours, ils ne semblent pas s'en soucier.

Ils ne peuvent pas non plus profiter leadership réalisé dans des niches spécifiques comme le cloud, les serveurs Web ou supercalculateurs. Ils préfèrent perdre du temps dans des discussions stériles avec des fans de Photoshop ou d'Excel.

C'est pourquoi ma résolution du Nouvel An est faire connaître des outils logiciels libres utilisables avec succès dans des secteurs dans lesquels la plupart d'entre nous qui écrivons sur le sujet ne le remarquons généralement pas.

Dans cet article, nous allons parler de Lin4neuroUne distribution qui devrait être considérée par ceux qui s'intéressent à l'imagerie cérébrale humaine.

Sans aucun doute, compte tenu de ce que les gouvernements et les particuliers dépensent pour la santé, toute économie sur le coût des licences sans perte de qualité des soins est un objectif louable à atteindre. C'est un secteur où les logiciels libres et open source ont beaucoup à offrir.

Analyse de la neuroimagerie avec Linux. Un excellent point de départ pour les étudiants et les professionnels

Il s'agit d'une version dérivée d'Ubuntu réalisée par un professeur de l'université japonaise de Tsukuba. Il est basé sur Ubuntu 16.04 et ne semble pas être mis à jour depuis 2017. Cependant, il constitue toujours un bon point de départ pour les professionnels de la neuroimagerie se familiariser avec les applications open source et les étudiants effectuent des travaux pratiques.

Les images analysées peut être partagé facilement.

Dans la liste des programmes, j'inclus dans la mesure du possible les liens vers leurs pages respectives.

Veuillez noter que je ne suis pas médecin. Bien qu'avec l'aide de Google, j'ai essayé de rendre les traductions aussi correctes que possible, j'ai peut-être foiré. J'apprécie déjà toute correction.

Parmi les applications incluses dans la distribution, on peut citer:

Trancheur 3D: Cette application Il comprend des algorithmes pour l'analyse d'images obtenues par imagerie par résonance magnétique fonctionnelle et par tenseur de diffusion. Ils peuvent également être utilisés pour la thérapie guidée par l'image.

AFNI :  programme pour le traitement et l'analyse des données obtenues à partir d'images par résonance magnétique.

Outil d'IRM de diffusion UCL Camino : Je vais mettre la description en anglais pour ne pas bousiller. Pour le traitement IRM de diffusion. Je l'interprète pour une analyse d'imagerie par résonance magnétique diffuse. S'il y a un spécialiste en imagerie dans la salle qui peut clarifier le problème pour nous, il y a le formulaire de commentaire ci-dessous. Lien

Caret : Cette application  permet à l'utilisateur de créer, visualiser et manipuler des reconstructions de surfaces du cerveau et du cortex cérébral.

Analyseur de connectome: Analyse des connexions entre ressources de toute source (DSI, DTI, QBall, rs-fMRI, etc.) à différentes échelles (globale, sous-réseaux et locale).

Visionneuse Connectome: connecte la neuroimagerie multimodale et multi-échelles et les ensembles de données réseau pour l'analyse et la visualisation en Python.

FLS : Analyse d'images et outils statistiques pour les données d'imagerie cérébrale IRMf, IRM et DTI. Lien

Ginkgo CADx: Cette application est un visionneuse d'images enregistré sous la norme DICOM.

ITK-Snap : Programme de segmentation de structures en images médicales 3D. Lien

Boîte à outils Minc: Application pour la gestion des fichiers MINC

MITK : Outils pour le développement de logiciels interactifs pour le traitement d'images médicales.

Diffusion MITK: Le programme  comprend une sélection d'algorithmes d'analyse d'image pour l'imagerie par résonance magnétique pondérée par diffusion.

MRIConvert : Es un utilitaire convertisseur de fichier d'image médicale qui convertit les fichiers DICOM aux formats de volume NIfTI 1.1, Analyze 7.5, SPM99 / Analyze, BrainVoyager et MetaImage.

IRMcron: C'est un outil visualisation et analyse d'images obtenues par résonance magnétique (fonctionnelle).

maîtresse: C'est un ensemble d'outils pour effectuer la tractographie de la matière blanche sur l'imagerie par résonance magnétique pondérée par diffusion de manière robuste pour croiser les fibres, en utilisant la déconvolution sphérique restreinte (CSD) et les lignes de courant probabilistes.

RMN virtuelle: Produit une simulation réaliste d'un scanner IRM.


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  1.   Nasher_87 (ARG) dit

    Très bien, il y a des moments où ils vous donnent des images médicales et vous ne pouvez l'ouvrir qu'avec le programme / visualiseur qui vient, d'ailleurs, uniquement sous Windows. J'ai vu les DICOM plusieurs fois, je n'ai jamais pu les ouvrir
    «Pour le traitement IRM de diffusion» Je ne suis pas médecin, mais je comprends que ce sont des images de résonance avec contraste (prise d'un liquide)

    1.    Diego allemand Gonzalez dit

      Merci pour la clarification.