Analitzant neuroimatges amb Linux. Lin4Neuro és una excel·lent forma d'iniciar-se

Molts linuxers estan obsessionats amb aconseguir el lideratge a l'escriptori. Per a ells no es tracta de difondre el programari lliure i els seus 4 llibertats sinó de derrotar Microsoft. El fet que el mercat de les computadores personals hagi tocat sostre, i l'accionar de Google i Apple en el dels mòbils sigui molt més perillós que el de Microsoft en els seus millors (pitjors) temps, no sembla importar-.

Tampoc són capaços de gaudir el lideratge assolit en nínxols específics com el núvol, els servidors web o els superordinadors. Prefereixen perdre el temps en discussions estèrils amb els fanàtics de Photoshop o Excel.

És per això que el meu propòsit d'any nou és fer conèixer eines de programari lliure que poden utilitzar-se amb molt d'èxit en sectors en els quals la majoria dels que escrivim sobre el tema no solem fixar-nos.

En aquest post parlarem de Lin4neuro.Una distribució que haurien de tenir en compte els que s'interessin en el diagnòstic per imatges de el cervell humà.

Sense dubtes, tenint en compte el que gasten governs i ciutadans particulars en salut, tot estalvi en el cost de llicències sense pèrdua en la qualitat d'atenció és un objectiu digne d'assolir. Es tracta d'un sector on el programari lliure i de codi obert té molt per donar.

Analitzant neuroimatges amb Linux. Un gran punt de partida per a estudiants i professionals

És una versió derivada d'Ubuntu realitzada per un professor de la universitat japonesa de Tsukuba. Està basada en Ubuntu 16.04 i sembla no actualitzar des de l'2017. No obstant això, segueix constituint un bon punt de partida perquè els professionals de l'anàlisi de neuroimatges es familiaritzin amb les aplicacions de codi obert i els estudiants facin pràctiques.

Les imatges analitzades es poden compartir fàcilment.

A la llista de programes incloc els enllaços a les seves respectives pàgines sempre que sigui possible.

Tinguin en compte que no sóc metge. Encara que amb l'ajuda de Google vaig tractar de que les traduccions fossin el més correctes possible puc haver ficat la pota. Des de ja agraeixo qualsevol correcció.

Entre les aplicacions incloses en la distribució podem esmentar:

3D Slice: aquesta aplicació inclou algoritmes per a l'anàlisi d'imatges obtingudes per ressonància magnètica funcional i per tensor de difusió. També poden utilitzar-se per a teràpies guiades per imatges.

AFNI:  Programa per al processament i anàlisi de dades obtingudes d'imatges de ressonància magnètica.

UCL Camí Diffusion MRI Toolki: Vaig a posar la descripció en anglès per no ficar la pota. For diffusion MRI processing. Jo interpreto que és per a l'anàlisi d'imatges de ressonància magnètiques difuses. Si hi ha un especialista en diagnòstics per imatges a la sala que pugui aclarir-nos el tema, allà baix hi ha el formulari de comentaris. Enllaç

Caret: aquesta aplicació  permet a l'usuari crear, veure i manipular reconstruccions de superfícies de el cervell i l'escorça cerebral.

Connectome Analyzer: Anàlisi de les connexions entre els recursos de qualsevol font (DSI, DTI, QBall, rs-fMRI, etc.) a diferents escales (global, subxarxes i local).

Connectome Viewer: connecta conjunts de dades de xarxa i de neuroimatges multimodals i multiescala per a l'anàlisi i la visualització en Python.

FSL: Anàlisi d'imatge i eines estadístiques per a dades de imatgeria cerebral fMRI, MRI, i DTI. Enllaç

Ginkgo CADx: Aquesta aplicació és un visor d'imatges mèdiques guardades sota l'estàndard DICOM.

ITK-Snap: Programa per a la segmentació d'estructures en imatges mèdiques en 3D. Enllaç

Minc joc d'eines: Aplicació per al maneig d'arxius MINC

MITK: Eines per al desenvolupament de programari interactiu de processament d'imatges mèdiques.

MITK Diffusion: El programa  inclou una selecció d'algoritmes d'anàlisi d'imatges per al processament d'imatges de ressonància magnètica ponderades per difusió.

MRIConvert: Es una utilitat de conversió d'arxius d'imatges mèdiques que converteix els arxius DICOM als formats de volum NIfTI 1.1, Analyze 7.5, SPM99 / Analyze, BrainVoyager i MetaImage.

MRIcron: És una eina de visualització i anàlisi d'imatges obtingudes per ressonància magnètica (funcional).

MRtrix: És un conjunt d'eines per realitzar tractografia de matèria blanca en imatges de ressonància magnètica ponderada per difusió de manera robusta per creuar fibres, utilitzant deconvolució esfèrica restringida (CSD) i línies de corrent probabilístiques.

RMN virtual: Produeix una simulació realista d'un escàner per ressonància magnètica.