Analizando neuroimágenes con Linux. Lin4Neuro es una excelente forma de iniciarse

Analizando neuroimágenes con LinuxMuchos linuxeros están obsesionados con lograr el liderazgo en el escritorio. Para ellos no se trata de difundir el software libre y sus 4 libertades sino de derrotar a Microsoft. El hecho de que el mercado de las computadoras personales haya tocado techo, y el accionar de Google y Apple en el de los móviles sea mucho más peligroso que el de Microsoft en sus mejores (peores) tiempos, no parece importarles.

Tampoco son capaces de disfrutar el liderazgo alcanzado en nichos específicos como la nube, los servidores web o las supercomputadoras. Prefieren perder el tiempo en discusiones estériles con los fanáticos de Photoshop o Excel.

Es por eso que mi propósito de año nuevo es hacer conocer herramientas de software libre que pueden utilizarse con mucho éxito en sectores en los que la mayoría de los que escribimos sobre el tema no solemos fijarnos.

En este post vamos a hablar de Lin4neuro.Una distribución que deberían tener en cuenta quienes se interesen en el diagnóstico por imágenes del cerebro humano.

Sin dudas, teniendo en cuenta lo que gastan gobiernos y ciudadanos particulares en salud, todo ahorro en el costo de licencias sin pérdida en la calidad de atención es un objetivo digno de alcanzar. Se trata de un sector en dónde el software libre y de código abierto tiene mucho para dar.

Analizando neuroimágenes con Linux. Un gran punto de partida para estudiantes y profesionales

Es una versión derivada de Ubuntu realizada por un profesor de la universidad japonesa de Tsukuba. Está basada en Ubuntu 16.04 y parece no actualizarse desde el 2017. Sin embargo, sigue constituyendo un buen punto de partida para que los profesionales del análisis de neuroimágenes se familiaricen con las aplicaciones de código abierto y los estudiantes hagan prácticas.

Las imágenes analizadas se pueden compartir fácilmente.

En la lista de programas incluyo los enlaces a sus respectivas páginas siempre que sea posible.

Tengan en cuenta que no soy médico. Aunque con la ayuda de Google traté de que las traducciones fueran lo más correctas posible puedo haber metido la pata. Desde ya agradezco cualquier corrección.

Entre las aplicaciones incluidas en la distribución podemos mencionar:

3D Slicer: Esta aplicación incluye algoritmos para el análisis de imágenes obtenidas por resonancia magnética funcional y por tensor de difusión. También pueden utilizarse para terapías guiadas por imágenes.

AFNI:  Programa para el procesamiento y análisis de datos obtenidos de imágenes de resonancia magnética.

UCL Camino Diffusion MRI Toolki: Voy a poner la descripción en inglés para no meter la pata. For diffusion MRI processing. Yo interpreto que es para el análisis de imágenes de resonancia magnéticas difusas. Si hay un especialista en diagnósticos por imágenes en la sala que pueda aclararnos el tema, ahí abajo está el formulario de comentarios. Enlace

Caret: Esta aplicación  permite al usuario crear, ver y manipular reconstrucciones de superficies del cerebro y la corteza cerebral.

Connectome Analyzer: Analisis de las conexiones entre los recursos de cualquier fuente (DSI, DTI, QBall, rs-fMRI, etc) a diferentes escalas (global, subredes y local).

Connectome Viewer: conecta conjuntos de datos de red y de neuroimágenes multimodales y multiescala para el análisis y la visualización en Python.

FSL: Análisis de imagen y herramientas estadísticas para datos de imagenología cerebral fMRI, MRI, y DTI. Enlace

Ginkgo CADx:Esta aplicación es un visor de imágenes médicas guardadas bajo el estándar DICOM.

ITK-Snap: Programa para la segmentación de estructuras en imágenes médicas en 3D. Enlace

Minc toolkit: Aplicación para el manejo de archivos MINC

MITK: Herramientas para el desarrollo de software interactivo de procesamiento de imágenes médicas.

MITK Diffusion: El programa  incluye una selección de algoritmos de análisis de imágenes para el procesamiento de imágenes de resonancia magnética ponderadas por difusión.

MRIConvert: Es una utilidad de conversión de archivos de imágenes médicas que convierte los archivos DICOM a los formatos de volumen NIfTI 1.1, Analyze 7.5, SPM99/Analyze, BrainVoyager y MetaImage.

MRIcron: Es una herramienta de visualización y análisis de imágenes obtenidas por resonancia magnética (funcional).

MRtrix: Es un conjunto de herramientas para realizar tractografía de materia blanca en imágenes de resonancia magnética ponderada por difusión de manera robusta para cruzar fibras, utilizando deconvolución esférica restringida (CSD) y líneas de corriente probabilísticas.

RMN virtual: Produce una simulación realista de un escáner por resonancia magnética.

2 comentarios, deja el tuyo

  1.   Nasher_87(ARG) dijo

    Muy bueno, hay veces que te dan imágenes médicas y solo la podes abrir con el programa/visor que viene, dicho sea de paso, solo en Windows. Las DICOM las vi varas veces, jamas las pude abrir
    “For diffusion MRI processing” no soy médico, pero tengo entendido que es imágenes de resonancia con contraste (tomando un liquido)

    1. Gracias por la aclaración.

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